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Il Museo è ospitato nell’antica sede di riscossione dei censi fondiari e dei diritti di dogana dell’Imperatore d’Austria Massimiliano I,  all’angolo nordorientale del centro storico di Bolzano. La prima testimonianza storica dell’esistenza di questa costruzione tardo-gotica risale al 1500 quando l’Imperatore Massimiliano I ordinò appunto di completare e dotare di copertura la nuova sede di riscossione da lui voluta. Negli anni a seguire funse dunque da centro di gestione delle entrate sull’Adige. Nel corso dei secoli essa fu adibita a diversi usi, fungendo prevalentemente da edificio amministrativo.

Della costruzione originaria restano solo pochi elementi costruttivi situati all’interno. Di particolare pregio è tuttavia il salone con soffitto gotico a volte, destinato normalmente ad ospitare le mostre temporanee. Accanto a due soffitti gotici in legno ed alcuni archi di ingresso a sesto acuto è possibile ammirare ormai solo nella volta a crociera del bovindo due scudi dipinti.

Divenuto di proprietà dello Stato Italiano, nel 1973 l’edificio passò alla Provincia di Bolzano con la  concessione del secondo Statuto di Autonomia. Negli anni a seguire andò sempre più prendendo forma l’idea di trasformare la sede di riscossione nel previsto museo di storia naturale. Nel 1989 fu infine approvato il progetto esecutivo e si poté dare inizio ai lavori di risanamento.  Nel marzo del 1997 venne poi inaugurato il nuovo museo con l’organizzazione di una mostra temporanea. Due anni e mezzo più tardi furono ultimati anche i lavori di realizzazione dei locali destinati all’esposizione permanente che poterono finalmente essere aperti al pubblico.